蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。
String数据库（https://string-db.org/）是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库，该数据库可应用于五千多个物种，包含两千四百万种蛋白的，大于2000万种蛋白质之间的相互作用连接。
目前一般都采用String数据库来研究蛋白互作网络，那么下面来介绍一下这个数据库的基本使用方法。
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查询与某一个蛋白间有互作关系的蛋白有哪些？
（1）首先，打开String网站，点击左侧的protein by name，然后在右侧输入蛋白ID（可以是uniprot蛋白ID也可以是基因名）和物种名，点击search即可；
（2）然后（例如输入小鼠蛋白Znf706），则可得到与该蛋白有互作关系的相关蛋白信息，点击legend可得到目的蛋白与互作蛋白间的连接度信息；
（3）点击PPI图上的彩色圆球可以得到蛋白的结构信息，点击蛋白与蛋白间的连线可以得到蛋白间相互作用的类型（不同颜色代表不同的作用类型，数据库将作用类型分为7大类，分别是基因邻接、基因融合、基因共表达、实验数据、文本挖掘数据、数据库数据、在PubMed Abstracts中共同提及）。
2
绘制蛋白与蛋白间PPI图。
（1）首先，打开String网站，点击左侧的multiple proteins，然后在右侧输入蛋白ID（可以是uniprot蛋白ID也可以是基因名）和物种名，点击search即可；
（2）点击search即可得到蛋白-蛋白相互作用结果。有老师会发现我们项目报告里面提供的结果和String网站做出来的PPI图有一些不太一样，主要是因为与网站的默认阈值设置的不同，这个时候只需要将minimum required interaction score设置成low confidence即可；
点击exports即可查看蛋白与蛋白间的连接度；
3
使用Cytoscape软件对PPI图进行美化。
目前String上的图可能不够满足发文个性化要求，因此会需要用Cytoscape软件进行图片美化，关于Cytoscape图片绘制方法，我们有绘制相关教程，需要的话，私信小鹿哦。
(点击图片可以了解Cytoscape)
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文末看点｜lumingbio
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